为了从迷之巨大怪物手上守护日本的和平新干线超进化研究所开发了「新干线变形机器人辛卡利欧」为了防备新的敌人袭来研究所还秘密开发新型机器人「辛卡利欧Z」与「辛卡利欧Z」适合率高的孩子们被选作驾驶员与研究所的人们合力迎击再次出现的巨大怪物体未知的敌人出现两个少年的相遇辛卡利欧进一步进化即将开始